Évaluer le rôle de l'enzyme LDH

Licence 3
Sciences de la Vie
Parcours BB

Étudiants

22
11×2

Encadrants

2 EC
1 IGE + 1 TECH

Yannis Karamanos

Professeur des Universités de Biochimie

 

Maquette

63h

Projet

S5 / S6

Compétence(s) développée(s)

Mener une démarche scientifique expérimentale

  • en respectant le cahier des charges
  • en mobilisant les outils adaptés aux étapes du protocole
  • en interprétant les résultats obtenus
  • en respectant les règles d’hygiène, de sécurité et de responsabilité environnementale
  • en collaborant efficacement

Niveau : dans une posture d'assistant de recherche

Situation : dans un laboratoire de recherche

Thématique du projet

Les étudiants sont placés dans des conditions de travail dans un laboratoire de recherche pour développer un projet visant à évaluer le rôle biologique de deux isoformes de l’enzyme lactate déshydrogénase (LDH) de muscle squelettique et de muscle cardiaque.

Ce travail sera poursuivi et terminé au semestre 6 dans le cadre de l’UE ATL-Bio Enz par l’étude des paramètres cinétiques des isoformes.

 

Ressources impliquées

BBM4
BBM5
ATL - ENZ
ATL-Bio ENZ

ANR-18-NCUN-0030

Périodes

01 – Présentation générale de la SAE (logistique, matériel, etc.) par l’équipe encadrante

Modalité de travail : grand groupe

Questions/réponses

02 – Présentation du cahier des charges par l’équipe encadrante

Modalité de travail : grand groupe

Questions/réponses

03 – Brainstorming : d’une façon générale, qu’est-ce qu’une bonne démarche scientifique expérimentale ?

Modalité de travail : grand groupe

L’animateur de la séance demande aux étudiants de penser:

– aux démarches à mener (processus)

– aux résultats à atteindre

– aux normes et règles à respecter

– aux interactions possibles avec les autres intervenants

04 – Débriefing

Chaque étudiant propose une réponse et l’explique.

L’animateur de la séance s’attache à faire prendre conscience aux étudiants de l’articulation existante entre la compétence, les composantes essentielles et le niveau de développement à travers la grille d’évaluation de la compétence.

05 – Présentation des modalités d’évaluation finale

Modalité de travail : grand groupe

Focus sur le portfolio

Questions/réponses
01 – Rappel des objectifs à atteindre et des critères qualité associés

Modalité de travail : grand groupe

Questions/réponses

02 – Rappel des exigences de l’évaluation du S5

Modalité de travail : grand groupe

Les ajustements des actions ont été vus en continu durant la semaine d’expérimentation en laboratoire, pendant que les étudiants étaient en action.

Présence dans la salle de TP des grilles d’évaluation accessibles par tous les étudiants.

03 – Expérimentations en laboratoire

Modalité de travail : binômes

Débriefing

Chaque binôme présente les données obtenues devant l’ensemble du groupe.

Échanges en grand groupe autour de ces résultats.

01 – Présentation de la grille d’évaluation du S5 et rappel des échéances et des MCC

Modalité de travail : grand groupe

02 – Présentation de l’objectif du séminaire : Rendre compte (ou non) de l’atteinte de l’objectif visé

Modalité de travail : grand groupe

Seuls des éléments de justification, régulation, dépassement et planification permettent de viser l’excellence :

  • Justification : justifier les actions sur la base d’une mobilisation de ressources
  • Régulation : répondre à la question « si c’était à refaire ? »
  • Dépassement : identifier le travail réalisé au-delà des objectifs fixés au S5
  • Planification : identifier les actions qu’il reste à mener
03 – Activité : Réfléchir au tableau de bord fourni et le remplir

Modalité de travail : réflexion individuelle

Dépôt des tableaux de bord sur Moodle

01 – Présentation des consignes du portfolio et rappel de la grille d’évaluation

Modalité de travail : 5 groupes

Portfolio individuel, il s’agit de votre développement de compétence personnel.

Distinguer vos actions et réflexions individuelles de celles menées avec ou par votre binôme

Structure du portfolio libre, mais cadrée par la présence nécessaire de la compétence, de toutes ces composantes essentielles et des intitulés ci-dessous (actions, prises de décision, justifications, etc.).
Nombre de caractères maximum : 12 500 (espaces compris)

02 – A partir de leur ébauche personnelle du tableau bilan, les étudiants ont répondu aux questions sur chacune des composantes essentielles

Modalité de travail : 5 groupes

03 – Feed Back général sur les ébauches des portfolios

Modalité de travail : grand groupe

Prochaine mission : portfolio rendu final
La compétence peut-elle être développée individuellement malgré la réalisation de l’activité en équipe ?

Bien que vous n’ayez pas mis en œuvre toutes les actions dans le cadre de l’activité, mettez en évidence les actions que vous avez menées individuellement, celles que votre co-équipier a menées et celles que vous avez menées en collectif.

Pour les actions que votre co-équipier a menées, portez un regard critique dessus ; êtes-vous d’accord avec ces actions ? Qu’auriez-vous fait différemment ? Pour quelles raisons ?

Comment distinguer le pourquoi du comment ?

Action – Quoi ?

• Transférer ce qu’est une bonne démarche expérimentale en théorie (compétence et composantes) dans les actions concrètes que vous avez menées

Exemple : La fiche des données de sécurité du TRIS (Fichier TRIS.pdf) nous apprend que ce sel n’est pas classé comme dangereux et ne nécessite pas de précautions particulières. Nous observons également que le pH d’une solution est situé entre 10,5 et 12,0. Du point de vue écologique cette substance n’est pas considérée comme persistante, ni bioaccumulable ni toxique. Je n’ai pas mis des gants et les solutions de TRIS ont été éliminées directement à l’évier.

Justification – Pourquoi ?

• Il ne s’agit pas de justifier le mode opératoire ou les détails techniques, il s’agit de porter un regard critique sur la démarche expérimentale de façon globale => est-ce que cette étape du protocole (ex. précipitation fractionnée…) a été décisive en regard des résultats obtenus ? Ce regard critique permettra de faire des liens entre les composantes essentielles

Porter un regard critique sur le protocole qui vous a été imposé :

• Justifier la pertinence des étapes du protocole

• Comment aménageriez-vous certaines étapes ?

Exemple de justification : J’ai utilisé la chromatographie d’échange d’ions sur DEAE-Sepharose car elle permet de retenir la LDH qui est négativement chargée au pH de travail choisi et ainsi la séparer d’autres protéines

Quel est l’objectif (intérêt ?) du portfolio ?

Vous aider à progresser grâce une réflexion autour des actions que vous avez menées et en dégager ainsi les forces et les limites => Prendre du recul sur ce que vous avez fait au S5 pour mieux agir au S6 (mener une démarche expérimentale de qualité)

Partager à l’enseignant :

• les actions que vous avez menées en laboratoire : l’enseignant n’a pas pu voir toutes vos actions

• les réflexions que vous avez eues lorsque vous avez agi : l’enseignant ne lit pas dans vos pensées

Les étapes du protocole peuvent-elles être le fil conducteur de la rédaction ?

À priori oui, mais à plusieurs conditions :

• La priorité est de démontrer le développement de la compétence par la rencontre des différentes composantes essentielles associées

• Éviter de s’égarer dans la description/justification de certaines actions qui ne permettent pas de prouver la rencontre des composantes essentielles. Ne vous perdez pas dans des détails techniques !

Autres possibilités d’organiser son portfolio :

• Synergies entre certaines composantes essentielles

• Actions-clés menées, étapes décisives dans la démarche expérimentale

• Difficultés rencontrées et façon dont elles ont été surmontées

• Par composantes essentielles, sans perdre de vue qu’il est nécessaire d’expliquer en quoi la composante :

– a transformé/modifié/impacté votre démarche expérimentale

– a impacté une/plusieurs autre(s) composante(s) essentielle(s)

Comment identifier les limites de ses actions ?

Quelques questionnements possibles :

• Y a-t-il des composantes essentielles ou des indicateurs de rencontre de ces composantes que vous n’avez pas rencontrés ? Si oui, lesquelles ? Comment agiriez-vous si c’était à refaire ?

Exemple : Comment éviter les pertes d’activité ? Les imprécisions de mesures ?

• En regard des résultats obtenus in fine, si c’était à refaire, que changeriez-vous dans la démarche (étapes du protocole) empruntée ?

Les résultats obtenus correspondent-ils aux exigences de la composante essentielle « résultat », à savoir « purifier et caractériser l’enzyme LDH ? » Quelles sont les caractéristiques de cette enzyme ? Ces caractéristiques vous semblent-elles de qualité ?

Quels sont les éléments à sélectionner dans le portfolio (et éviter ainsi de dépasser le nombre de caractères autorisés) ?

L’idée n’est pas de nous raconter tout ce que vous avez fait (nous avons déjà vu beaucoup de vos actions en séance) mais en quoi ce que vous avez fait est de qualité (ou non).

• La sélection des éléments à développer dans le portfolio correspond aux actions qui illustrent la rencontre des composantes essentielles

• Pour opérer la sélection, inspirez-vous des indicateurs de rencontre des composantes

  • Objectif : évaluation du rôle de l’isoenzyme du muscle cardiaque de la LDH
  • Contraintes : respect du budget, du temps et du matériel alloués
  • Choix adapté des appareillages (centrifugeuses réfrigérée ou non, spectrophotomètres UV ou UV-Visible)
  • Choix adapté des petits-matériels (agitateurs chauffants ou non, pipettes manuelles et automatiques, pH-mètre, balances)
  • Choix et application correcte des techniques d’analyse biochimiques (respect du mode opératoire, témoins adaptés)
  • Analyse du protocole tel qu’il est proposé et justification de sa logique (ordre, but des étapes) 
  • Utilisation des EPI (blouse, lunettes de protection, gants) et des matériels (propipettes,…) adaptés au risque
  • Consultation des fiches de données de sécurité (FDS) avant emploi d’un réactif 
  • Tri des déchets des expérimentations en fonction de la filière d’élimination ; utilisation de flacons/bidons réservés au tri des déchets
  • Utilisation des EPI (blouse, lunettes de protection, gants) et des matériels (propipettes,…) adaptés au risque
  • Consultation des fiches de données de sécurité (FDS) avant emploi d’un réactif 
  • Tri des déchets des expérimentations en fonction de la filière d’élimination ; utilisation de flacons/bidons réservés au tri des déchets
  • Analyse de la démarche/protocole pour se l’approprier
  • Justification et mise en œuvre de chaque étape
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